Для работы с реестром из командной строки предназначена утилита reg.exe, которая поставляется в составе Support Tools, на одном диске с дистрибутивом Windows. Вы можете скачать эту утилиту здесь. Ее размер 49 килобайт. Сохраните ее в папке, где установлена Windows. В этом случае, работать с ней можно будет без полного указания пути.
Для получения подробных сведений о работе с утилитой reg.exe выполните в командной строке

reg /?

Предположим, что в разделе HKCU\Software\WindowsFAQ\Test существует параметр с именем Path, типом данных REG_EXPAND_SZ и значением %systemroot%. Нам нужно изменить значение с %systemroot% на %temp%. Для этого используйте следующую команду:

REG ADD HKCU\Software\WindowsFAQ\Test /v Path /t REG_EXPAND_SZ /d %"temp"%

Таким образом, мы заменим значение параметра Path с одного на другое.
Обратите внимание на то, что команда ожидает от пользователя подтверждения. Чтобы отключить это подтверждение добавьте в указанную выше команду /f